学校前身为圣城街道南关小学。2010年9月，市委、市政府决定，市财政出资4000余万元，一次性规划、一次性建设寿光市明珠小学， 2012年9月正式投入使用。学校建成后，原南关小学的部分师生迁入，同时招生新的服务范围内的职工适龄子女就读，委托市实验小学代为管理，名为寿光市实验小学明珠校区。2013年3月，市编委批复，同意设立市明珠小学，为全额拨款事业单位，隶属市教体局。核定编制89名（教师81名，教辅8名）。市编委批复后，寿光市明珠小学、寿光市实验小学明珠校区两块牌子并存。2015年9月，经市编委同意，市教育局决定，撤消寿光市实验小学明珠校区牌子，只保留寿光市明珠小学的牌子，是独立法人资格、独立承担民事责任的六年制全日制市属小学。
